個別対応方式とは、消費税の課税対象となる取引と非課税となる取引を個別に区分し、それぞれに応じた税率で計算する方法です。主に事業規模が大きく取引管理が徹底している企業向けの方式です。
一括比例配分方式が課税売上高の割合で一律計算するのに対し、個別対応方式は実際の取引ごとに正確に区分計算します。個別対応方式の方がより正確ですが、計算が複雑になるデメリットがあります。
個別対応方式を選択する最大のメリットは、非課税取引が多い場合に税負担を正確に計算できる点です。特に医療機関や学校など非課税取引の多い事業者にとって有利な方式と言えます。