積立NISAは非課税枠内で投資可能な制度で、特定口座は課税対象ですが源泉徴収あり/なしを選択できる口座です。積立NISAには年間投資上限がありますが、特定口座には制限がありません。
まずは積立NISAの非課税枠を最大限活用し、余剰資金がある場合は特定口座で運用するのがおすすめです。特に長期投資の場合は積立NISAのメリットが大きいです。
特定口座の利益には約20%の税金(所得税15%+住民税5%)がかかります。源泉徴収ありを選択すれば確定申告不要ですが、なしを選択すると確定申告が必要になります。