はい、楽天証券の特定口座(源泉徴収あり)を選択している場合、損益通算は自動で行われます。年間の利益と損失が相殺され、課税対象となる金額が計算されます。
確定申告をしない場合は「源泉徴収あり」が便利です。自動で損益通算が行われ、手間がかかりません。ただし、医療費控除など他の控除を受ける場合は「源泉徴収なし」を選び、自分で確定申告をする必要があります。
新NISA口座での取引は非課税のため、損益通算の対象外です。ただし、特定口座と一般口座を併用している場合、特定口座の損益通算は一般口座との間では行えませんので注意が必要です。