はい、繰越控除を確定申告すると所得金額が増加したとみなされ、国民健康保険料が上がる可能性があります。特に自営業者の方は注意が必要です。
特定口座(源泉徴収あり)を利用している場合、原則として確定申告は不要ですが、損失を繰り越したい場合には確定申告が必要になります。
所得が低く扶養控除や国民健康保険の影響が大きい場合、年末までに「益出し損出し」で損失を解消した方が有利なケースもあります。個別の状況に応じて判断が必要です。