いいえ、併用はできません。どちらか一方を選択する必要があります。居住用財産を買い替えた場合、3000万円控除か新たに取得した物件に対する住宅ローン控除のどちらかを適用することになります。
状況によって異なります。売却益が3000万円以下の場合は3000万円控除、住宅ローン残高が大きく長期にわたる場合は住宅ローン控除が有利な場合が多いです。税理士に相談することをおすすめします。
原則として修正申告はできません。申告前に慎重に検討し、どちらの控除を適用するか決める必要があります。誤った選択をすると税金面で不利になる可能性があるので注意が必要です。