総合課税では配当所得や利子所得などが対象となり、原則として株式などの譲渡損失との損益通算はできません。これは税法上、所得の種類が異なるためです。
申告分離課税を選択することで譲渡損失との損益通算が可能になります。また、年末までに「益出し・損出し」を行い、損失を当年中に解消する方法もあります。
配当控除を受けたい場合は総合課税、譲渡損失と通算したい場合は申告分離課税が有利です。e-Taxでシミュレーションして比較するのがおすすめです。