総合課税は他の所得と合算して税率が決まるのに対し、分離課税は配当金だけを分離して課税されます。分離課税の方が税率が一律で計算が簡単な場合が多いです。
はい、配当金については総合課税か分離課税かを選択できます。ただし、特定口座(源泉徴収あり)を利用している場合は自動的に分離課税となります。
一般的に所得が高い人は分離課税、所得が低い人は総合課税が有利な傾向があります。ただし個々の状況によって異なるため、税理士に相談するのが確実です。