分離課税は特定の所得(株式譲渡益など)に個別に税率を適用する制度で、総合課税は他の所得と合算して税率を計算します。分離課税は税率が一律なのが特徴です。
一般的に、他の所得が少ない場合は総合課税、多い場合は分離課税が有利な傾向があります。ただし、損益通算や税率を考慮して個別に計算する必要があります。
分離課税を選択すると、その年の他の所得と損益通算ができません。また、一度選択した課税方式はその年変更できないので、事前に慎重に検討する必要があります。