積立NISAの売却手数料は、売却取引が成立した時点で発生します。ただし、信託報酬などの継続的なコストとは異なり、売却時のみの1回限りの費用です。販売会社によって手数料体系が異なるため、事前に確認しましょう。
売却そのもので元本が減るわけではありません。ただし、売却手数料や市場価格の変動によって、最終的な受取金額が当初の投資額を下回る可能性はあります。特に短期間での売却は手数料の影響が大きくなるため注意が必要です。
手数料を抑えるには、(1)ノーロード（販売手数料なし）の投資信託を選ぶ、(2)ネット証券など手数料が安い販売会社を利用する、(3)長期保有を前提に短期売買を避ける、などの方法があります。商品選びの際は信託報酬率も比較しましょう。
