分離課税は他の所得と分離して課税される制度で、税率が一律です。一方、総合課税は各種所得を合算して累進税率で課税されます。主に利子所得や配当所得などが分離課税の対象となります。
所得金額や他の所得状況によって異なります。高所得者の場合は分離課税を選択すると税負担が軽減されるケースが多いですが、低所得者の場合は総合課税の方が有利な場合もあります。専門家に相談するのがおすすめです。
損益通算は基本的に総合課税の対象となる所得間でのみ可能です。分離課税の所得は他の所得との損益通算ができません。ただし、分離課税の中でも特定の所得同士では通算可能な場合があるので注意が必要です。