投資信託の手数料は、購入時や売却時に発生するものと、信託報酬として毎日かかるものがあります。購入時手数料は取引時に、信託報酬は資産から自動的に差し引かれます。
新NISAでも短期売買は可能ですが、頻繁な取引は手数料がかさむ可能性があります。長期投資を前提とした制度設計のため、短期売買には注意が必要です。
銀行によって手数料体系は異なりますが、ネット証券に比べて手数料が高めの傾向があります。口座開設前に各金融機関の手数料を比較することをおすすめします。