総合課税は他の所得と合算して税率が決まるのに対し、分離課税は特定の所得のみに単独で税率が適用されます。分離課税は主に株式譲渡益などに適用されます。
株式や投資信託の売却損が出た場合、同じ年に得た譲渡益と相殺(損益通算)できます。ただし分離課税対象の所得間でのみ可能で、総合課税の所得とは通算できません。
所得金額や他の所得とのバランスによります。高所得者は分離課税を選ぶと税率が低くなる場合がありますが、損益通算を考慮しつつ税理士に相談するのがおすすめです。