一般的には「源泉徴収あり」がおすすめです。確定申告が不要で手続きが簡単ですが、年間利益が20万円以下の小規模投資家は「なし」を選ぶと節税効果が期待できる場合もあります。
基本的には不要ですが、複数の特定口座を持っている場合や、譲渡損失の繰越控除・損益通算をしたい場合には確定申告が必要になることがあります。
新NISAでは非課税枠内の取引が可能なため、源泉徴収ありを選べば確定申告の手間が省け、投資初心者でも簡単に運用できるメリットがあるからです。