確定申告が不要になる点が最大のメリットです。また、配当金や売却益から自動的に税金が差し引かれるため、税金の計算や納付が楽になります。
配当控除を受けたい場合、損益通算や譲渡損失の繰越控除を利用したい場合、外国株の外国税額控除を受けたい場合などは、源泉徴収ありでも確定申告が必要です。
小資金の場合は源泉徴収なしを選び、確定申告で損益通算する方が有利な場合もあります。ただし、手間を考えれば源泉徴収ありが無難です。