特定口座は課税口座で利益に税金がかかりますが、NISA口座は非課税枠内で運用できます。NISAには投資上限があるため、余剰資金は特定口座で運用するのが一般的です。
特定口座では、売却益に対して約20%の税金(所得税15%+住民税5%)がかかります。ただし、年間20万円以下の利益なら申告分離課税の選択も可能です。
NISA枠を使い切った後も投資を続けられる点が最大のメリットです。また、特定口座ならいつでも売却可能で流動性が高く、長期運用による複利効果も期待できます。