官民ファンドの投資先が非公開になっている背景には、不透明な利権構造や失敗案件の隠蔽が指摘されています。参政党の梅村みずほ議員などが国会で追及しています。
産業革新投資機構の役員報酬が高すぎるとして、経済産業省が承認を拒否した問題があります。民間出身の取締役9人が辞任する事態に発展しました。
JDI(ジャパンディスプレイ)への投資失敗など、官民ファンドによる数千億円規模の税金損失が報告されています。これらの案件でも投資判断の不透明性が批判されています。