大企業には輸出還付金などの特別措置が適用されるためです。輸出企業を支援することで国際競争力を高めることが目的で、これが結果として税制上の優遇につながっています。
はい、中小企業向けに軽減税率が設けられている場合があります。資本金や従業員数によって区分され、大企業よりも低い税率が適用される仕組みです。
輸出企業が支払った消費税を還付する制度で、輸出割合の高い大企業ほど還付金が大きくなる仕組みです。これが実質的な税制優遇として機能しています。