証券会社によって異なりますが、SBI証券では単元未満株の売却手数料が無料の場合があります。楽天証券の「かぶミニ」など各社のサービスごとに手数料体系が違うので確認が必要です。
単元未満株の売却でも通常の株式と同様に譲渡益に対して20.315%の税金(所得税15.315%+住民税5%)がかかります。年間の損益通算も可能です。
市場が開いている平日の取引時間中(9:00~15:00)であれば売却可能です。ただし、流動性の低い銘柄は売却に時間がかかる場合があるので注意が必要です。