はい、iDeCoとNISAは併用可能です。両方を活用することで節税効果を最大化しながら資産形成ができます。
収入や年齢によって異なりますが、一般的にはiDeCoで老後資金を確保しつつ、NISAで流動性のある資産形成をするのがおすすめです。
必ずしも同じ会社で管理する必要はありませんが、手数料や運用商品の選択肢を比較して決めるのが良いでしょう。