FXはレバレッジを効かせた取引が可能で、少額から大きな取引ができますが、外貨預金は預金なので元本保証の範囲内で運用します。またFXは24時間取引可能な点も大きな違いです。
一般的にFXの方がスワップポイントが高く設定されている場合が多いです。特に高金利通貨ペアではFXの方が収益機会が大きいですが、為替変動リスクにも注意が必要です。
リスクを抑えたいなら外貨預金、より高い収益を目指すならFXがおすすめです。ただしFXは為替変動リスクが大きいので、まずは少額から始めるのが良いでしょう。