課税取引は消費税がかかる取引で、非課税取引は法律で定められた理由により消費税がかからない取引です。例えば医療費や学校の授業料などが非課税取引に該当します。
免税は本来課税対象だが特定の条件で税が免除される取引(輸出免税など)で、非課税は最初から課税対象外の取引です。免税分は還付対象ですが、非課税分は還付されません。
課税区分を誤ると、過少申告や過大申告となり、追加税や還付遅延などの問題が生じます。適切な区分判断が難しい場合は税理士に相談することをおすすめします。