総合課税は他の所得と合算して税率が決まるのに対し、申告分離課税は特定の所得のみを分離して課税されます。主に株式や不動産の譲渡所得などが対象です。
所得の種類や金額によって異なります。給与所得が高い場合は申告分離課税を選択すると有利な場合が多いですが、個々の状況に応じて計算が必要です。
申告分離課税の場合、同じ種類の所得間でのみ損益通算が可能です。総合課税では原則として他の所得と通算できますが、特定の分離課税対象所得は除外されます。