総合課税はすべての所得を合算して税率を計算する方法で、申告分離課税は特定の所得を分離して別途計算する方法です。株式譲渡益や配当金などが対象となります。
一般的に短期保有の場合は申告分離課税、長期保有で他の所得が少ない場合は総合課税が有利な場合が多いです。ただし個々の状況によって異なるため、専門家に相談することをおすすめします。
譲渡損がある場合は申告分離課税を選択することで損益通算が可能になります。配当金については総合課税か申告分離課税かを選択できますが、他の所得状況によって最適な方法が異なります。