米国株を売却した場合、日本では譲渡益に対して20.315%(所得税15.315%+住民税5%)の税金がかかります。また米国では原則10%の源泉徴収税がかかりますが、日米租税条約により日本で確定申告すれば還付可能です。
NISA口座内での米国株売却では、日本での譲渡益課税は非課税になります。ただし米国側の10%源泉徴収税は免除されないため、確定申告で外国税控除の手続きが必要です。通常口座より節税効果が高いのが特徴です。
米国株の配当金には米国で10%の源泉徴収税がかかります。日本では配当金を雑所得として申告し、外国税控除を適用することで二重課税を防げます。NISA口座なら日本側の課税は免除されますが、米国側の源泉徴収分は還付できません。