申告分離課税の最大のメリットは、他の所得と分離して課税されるため、所得が高い人でも税率が一定(20.315%)に保たれる点です。総合課税だと累進税率の影響で税率が上がる可能性があります。
はい、申告分離課税では同じ分離課税対象の所得間で損益通算が可能です。例えば株式の譲渡損失と配当所得を通算できます。ただし、給与所得など他の所得とは通算できません。
デメリットとして、損失の繰越控除期間が3年間と限られている点(総合課税は最大7年)、医療費控除など他の控除が適用できない場合がある点が挙げられます。自身の状況に合わせて選択しましょう。