特定管理口座は証券会社が年間の損益計算を代行してくれる口座で、確定申告が不要な場合があります。一方、一般口座は自分で損益計算を行い、確定申告が必要です。
最大のメリットは証券会社が税金計算を代行してくれるため、確定申告が不要（源泉徴収ありを選択した場合）な点です。また、年間取引報告書が発行されるので、自分で計算する手間が省けます。
投資目的によります。NISA口座は非課税枠内で税金がかからないのが特徴ですが、投資可能期間に制限があります。特定管理口座は長期投資にも適しており、NISAと併用するのがおすすめです。
