特定口座は証券会社が自動で税金を計算・納付してくれるため、確定申告が不要です。一方、一般口座は自分で税金を計算し、確定申告が必要になります。
「源泉徴収あり」を選ぶと、証券会社が自動的に税金を納めてくれるので手間がかかりません。「なし」を選ぶと自分で確定申告が必要ですが、他の所得と合わせて節税できる可能性があります。
NISA口座は投資利益が非課税になる制度で、特定口座は課税されます。NISAには投資額の上限がありますが、特定口座にはありません。両方の口座を併用するのがおすすめです。