販売会社によって異なりますが、一般的に0~数%の売却手数料がかかります。ネット証券では無料の場合が多いです。ただし信託報酬は別途かかるので注意が必要です。
NISA口座でも通常の口座と同様に売却手数料が発生する場合があります。ただし非課税メリットは維持されるので、手数料を考慮してもNISA口座での売却が有利なケースが多いです。
売却手数料無料のネット証券を利用する、まとめて売却して取引回数を減らす、信託報酬の低い商品を選ぶなどの方法があります。特に長期保有する場合は信託報酬の影響が大きいので要注意です。