給与所得者の場合、年間20万円以下の株式利益は年末調整での申告不要です。20万円を超える場合は確定申告が必要になります。
株の損失は年末調整では処理できません。損失を繰り越す場合は確定申告が必要で、3年間の繰越控除が可能です。
含み損のある銘柄を売却することで、既に確定している利益と相殺できます。12月中に取引を完了させ、証券会社の年間取引報告書を確認しましょう。