申告分離課税は特定の所得(株の譲渡益など)を他の所得と分離して課税する制度で、総合課税は全ての所得を合算して課税します。税率や控除の適用が異なります。
e-Taxの確定申告書等作成コーナーで「分離課税」を選択し、譲渡所得の欄に必要事項を入力します。特定口座の年間取引報告書を参考に正確に記入しましょう。
配当金は原則として総合課税ですが、申告分離課税を選択することも可能です。どちらが有利かは個々の税務状況によるため、税理士に相談するのがおすすめです。