総合課税は他の所得と合算して税額を計算する方式で、分離課税は他の所得と分離して税額を計算する方式です。株式譲渡所得は原則として分離課税ですが、特定の場合には総合課税の対象となります。
非上場株式の譲渡所得や、上場株式でも大口保有者(発行済株式総数の3%以上を保有)の譲渡所得は総合課税の対象となります。また、特定口座(源泉徴収あり)を利用しない場合も総合課税扱いになる可能性があります。
確定申告が必要で、他の所得と合算されるため税率が上がる可能性があります。必要経費(取得費や委託手数料など)を正しく計上し、損失が出た場合は3年間繰越控除が可能です。e-Taxを活用すると手続きがスムーズです。