NISA口座での投資信託売却手数料は、売却時ではなく購入時に発生する場合がほとんどです。ただし商品によって異なるので、各金融機関の規定を確認しましょう。
売却時には利益部分が優先的に減ります。元本が減るのは損失が出た場合のみです。税率優遇のNISA口座内では税金の心配もありません。
新NISAでも短期売買は可能ですが、投資信託の場合、短期間での売買は信託報酬などのコストがかさむ可能性があるため、長期保有が推奨されています。