eMAXIS Slim NASDAQ100は信託報酬が0.198%と低コストなのが特徴で、楽天NASDAQ100は楽天ポイントが付与されるなどの特典があります。運用方針や組入銘柄にも若干の違いがあります。
長期投資なら信託報酬の低いeMAXIS Slim NASDAQ100が有利ですが、楽天証券ユーザーでポイント還元を重視する場合は楽天NASDAQ100も選択肢になります。ご自身の投資スタイルに合わせて選ぶのが良いでしょう。
短期間では大きな差は出にくいですが、1年単位で比較すると信託報酬の差がリターンに影響します。eMAXIS Slimの方が長期的にコスト面で有利となる傾向がありますが、市場環境によっても変わります。