いいえ、併用はできません。どちらか一方を選択する必要があります。それぞれのメリットを比較し、より有利な方を選ぶことが重要です。
売却益が600万円以上ある場合は3000万円控除が有利なケースが多いです。ただし、次の購入物件が新築か中古か、ローン残高などによっても異なるため、専門家に相談することをおすすめします。
原則として修正申告はできません。控除を適用する際は慎重に検討し、確定申告前にしっかりとシミュレーションを行うことが大切です。