特定口座(源泉徴収あり)を利用している場合、年間20万円以下の利益であれば申告不要です。ただし一般口座や特定口座(源泉徴収なし)では利益金額に関わらず申告が必要です。
譲渡益は「売却金額-(取得費+手数料)」で計算します。取得費が不明な場合、売却金額の5%を概算取得費として使用できますが、税務署に確認が必要です。
上場株式の譲渡益は他の所得と分離して20.315%(所得税15%+住民税5%+復興特別所得税0.315%)の税率で課税されます。損益通算も3年間繰越可能です。