総合課税はすべての所得を合算して税率を適用するのに対し、申告分離課税は特定の所得を分離して別途課税します。主に株式譲渡益などが対象となります。
所得金額や他の所得との関係によって異なりますが、一般的に所得が高い場合は申告分離課税、低い場合は総合課税が有利なケースが多いです。専門家に相談することをおすすめします。
主に株式等の譲渡所得、土地建物等の譲渡所得、山林所得などが申告分離課税の対象となります。確定申告の際に選択が必要です。