特定口座は課税口座で、利益に対して税金がかかりますが、NISA口座は非課税制度を利用できる口座です。NISAには投資可能額に制限がありますが、特定口座には制限がありません。
確定申告が不要な「源泉徴収あり」が初心者にはおすすめです。ただし、損失を繰り越したい場合や他の所得と合算したい場合は「源泉徴収なし」を選ぶと良いでしょう。
売却益に対して約20.315%の税金(所得税15.315%+住民税5%)がかかります。源泉徴収ありを選択している場合、証券会社が自動的に税金を徴収してくれます。