特定口座は証券会社が年間の取引報告書を作成し、税金計算をサポートしてくれる口座です。一方、一般口座では自分で全ての取引記録を管理し、確定申告を行う必要があります。特定口座を利用すると税金計算が楽になります。
新NISAは非課税枠があるため、長期的に保有する予定の株式は移すことを検討すると良いでしょう。ただし、移す際には一旦売却する必要があるため、売却益に対する税金が発生する可能性があります。状況に応じて慎重に判断してください。
200万円以上の売却益が出た場合、特定口座でも確定申告が必要になる可能性があります。また、売却時期や他の所得との関係で税金額が変わるため、事前に税理士に相談するか、楽天証券のサポートを活用することをおすすめします。