最大の違いは信託報酬(運用コスト)です。eMAXIS Slimの方が信託報酬が低く設定されている場合が多く、長期的な運用ではコスト差が大きな影響を与えます。
コスト面を重視するならeMAXIS Slim、楽天ポイント還元や楽天ユーザー向けサービスを活用したい場合は楽天オールカントリーがおすすめです。投資方針に合わせて選択しましょう。
運用会社の裁定取引能力や為替ヘッジの有無、信託報酬の差などが原因です。また、楽天の場合はポイント還元分を考慮する必要があります。