総合課税は他の所得と合算して税率が決まるのに対し、分離課税は株式等の所得だけを分離して課税されます。総合課税は累進税率、分離課税は一律税率が適用されます。
所得金額によって異なります。低所得者(年収550万円以下)は総合課税を選択すると所得税がゼロになる場合がありますが、高所得者は分離課税の方が有利なケースが多いです。
国民健康保険料が上がる可能性がある点に注意が必要です。総合課税で所得が増えると保険料も上がるため、節税効果と保険料増加を比較検討しましょう。