一般口座での株式売却では、年間20万円を超える利益が出た場合に確定申告が必要です。20万円以下の場合は申告不要ですが、損失を繰り越すためには申告が必要です。
国税庁のタックスアンサーNo.1466によると、同一銘柄を複数回購入した場合、総平均法か移動平均法で計算します。最も一般的なのは総平均法で、全取得金額を保有数量で割って計算します。
新NISAに移行する際、一般口座の投資信託を売却すると課税対象になります。売却益が20万円を超える場合は確定申告が必要です。移行前には税務上の影響をよく確認しましょう。