一般口座はすべての取引を自分で確定申告する必要がある口座で、特定口座は証券会社が年間取引報告書を作成し、税金計算をサポートしてくれる口座です。特定口座には源泉徴収あり(特定)となし(一般)の2種類があります。
特定口座(特に源泉徴収あり)を選ぶと、確定申告が不要になる場合が多いのが最大のメリットです。また、証券会社が損益計算を自動で行ってくれるため、税金計算が簡単になります。投資初心者には特におすすめです。
NISA口座は非課税制度を利用できる特別な口座で、一般/特定口座とは別枠で開設します。NISA口座内での利益には税金がかかりませんが、投資可能額に制限があります。一般/特定口座と併用して活用するのがおすすめです。