譲渡制限付株式は実際の株式を付与する制度で、一定期間の譲渡制限がかかります。一方ストックオプションは、将来あらかじめ決められた価格で株式を購入できる権利です。株式の所有権の有無が最大の違いです。
税制適格ストックオプションは行使時の利益が非課税になるなど優遇措置があります。譲渡制限付株式は付与時点で課税対象となる場合が多いですが、制度設計によって税負担を最適化できます。
資金力の少ないスタートアップには、現金支出が不要なストックオプションが向いています。一方、譲渡制限付株式は従業員のエンゲージメント向上に効果的で、成長段階の企業に適しています。