総合課税はさまざまな所得を合算して税額を計算する方法で、分離課税は特定の所得を他の所得と分離して税額を計算する方法です。分離課税には申告分離課税と源泉分離課税の2種類があります。
株式投資の利益は原則として申告分離課税が適用されます。ただし、特定口座(源泉徴収あり)を利用している場合は源泉分離課税が適用され、確定申告が不要となる場合があります。
課税方法の選択は所得の種類や金額によって異なります。一般的に、所得が分散している場合は総合課税が有利な場合があり、特定の所得が大きい場合は分離課税が有利になることがあります。税理士に相談するのがおすすめです。