購入時と売却時の両方で発生する場合があります。特に投資信託の場合、購入時に「申込手数料」、運用中に「信託報酬」がかかります。ネット証券では申込手数料無料の商品も多いです。
一般的にネット証券の方が手数料が安い傾向があります。銀行では口座維持費がかかる場合や、取り扱い商品が限られていることが多いため、事前に比較が必要です。
制度上可能ですが、短期売買を繰り返すと手数料負担が増え、節税効果が薄れる可能性があります。積立NISAは長期投資を前提とした制度です。