特定口座の最大のメリットは、証券会社が自動で税金計算を行い、源泉徴収してくれる点です。これにより、投資家は確定申告が不要になる場合が多く、手間が大幅に軽減されます。
NISA枠が残っている場合はNISA口座を優先的に使い、枠を使い切った後に特定口座を利用するのが基本です。ただし、短期売買や配当金が多い投資など、NISAの非課税メリットが活かしにくい場合は特定口座が適している場合もあります。
特定口座では損益通算が自動で行われない点に注意が必要です。複数の証券会社を利用している場合や、他の所得との損益通算をしたい場合は、確定申告が必要になることがあります。また、源泉徴収ありの特定口座では税率が20.315%と固定されるため、総合課税で申告した方が有利なケースもあります。