一般口座は確定申告が必要で、特定口座は証券会社が自動的に税金計算を行う点が最大の違いです。特定口座には源泉徴収あり(特定)となし(一般)の2種類があります。
投資初心者には特定口座(源泉徴収あり)がおすすめです。確定申告が不要で、利益から自動的に税金が差し引かれるため、手間がかかりません。
はい、NISA口座と一般口座または特定口座を併用できます。NISA口座は非課税枠内の投資に、それ以外の投資には一般/特定口座を利用するのが一般的です。