入金は口座にお金を加える行為全般を指し、預け入れは特に現金を銀行に預けることを指します。振り込みやATM操作なども入金に含まれます。
通常はありませんが、システムエラーや不正アクセスの可能性はゼロではありません。定期的に残高確認し、不審な点はすぐに銀行に連絡しましょう。
自分の銀行のATMを利用する、ネットバンキングで振り込む、または手数料無料の時間帯を利用するなどの方法があります。各銀行の条件を確認しましょう。